Como o M. Shadows disse, o paradeiro do Benjen Stark é desconhecido tanto nos livros quanto na série.
Sobre a teoria do Mãos Frias, acho que seria óbvio demais para o George Martin. Além disso, um dos filhos da floresta diz que o maluco lá tinha morrido há muito tempo, enquanto que não faziam nem três anos que o Benjen tinha sumido.
Spoiler :
Em minha opinião, acho que os motivos do desaparecimento dele são bem importantes para o futuro dos livros e da série. Provavelmente tem a ver com a relação misteriosa entre os Starks e os Outros, além daquelas visões do passado que o Bran tem no Dança dos Dragões. Se fosse para arriscar, diria que eles fizeram alguma espécie de pacto que foi quebrado em algum momento, o que acabou provocando o avanço dos White Walkers em direção ao sul.