Foi dito no manga que a Anbu Ne havia sido destruída e um rumor que o Danzou havia morrido, isso logo após o ocorrido com os uchihas, ou seja, o Hiruzen não gostou da atuação do danzou com relação aos uchihas e desfez a organização dele, nisso não se sabe o porque surgiu o rumor dele ter morrido.
Quando a tsunade assumiu como hokage no clássico, nada foi dito com relação ao danzou inclusive, ele quando apareceu no shippuuden a tsunade fica ate surpresa e diz que pensava que ele tinha morrido, se ate a atual hokage da aldeia pensou que ele estava morto, então, provavelmente Pain morando fora da vila pensava o mesmo, se não me engano o próprio Orochimaru quando recebe a mensagens do Sai fica surpreso e diz que achou que ele tinha morrido.
Alem disso, Pain era da vila da chuva, para ele tentar matar o líder da vila da chuva fica mais fácil do que ele invadir outra aldeia e tentar matar alguém de la, fora que, ninguém mata quem já esta morto por assim dizer