Hashirama e Kisame são os que possuem mais chakra até onde eu me lembre dos personagens sem Bijū. Depois temos Nagato e Madara.
Agora contando com Bijūs... bom, nem preciso dizer muita coisa. Kaguya, depois Hagoromo e depois Madara são os mais óbvios. Acho que Obito vem logo em seguida, pois ele tinha mais chakra das Bijūs do que o Naruto, e depois sim vem o Naruto.
Sem Bijū: Hashirama, Kisame, Nagato e Madara.
Com Bijū: Kaguya (todo o chakra da Shinju), Hagoromo (todo o chakra da Jūbi + o seu próprio que já era monstro), Madara (Jinchūriki da Jūbi), Obito Jinchūriki e Naruto.