Faz muito tempo desde que li o mangá, mas se eu não estiver enganado, a marca Majin aumenta o poder da vítima significativamente, tanto que o Spopovitch e o Yamu, que não passavam de dois humanos relativamente fortes (um deles havia perdido para o Mr. Satan), acabaram ultrapassando os padrões da normalidade. Além disso, o Vegeta aceitou a marca justamente para se igualar ao Goku. É claro, existe a possibilidade de ele ter alcançado o Super Saiya-jin 2 através dos poderes do Babidi, mas tenho sérias dúvidas quanto a isso. Um dos fatores que me levam a não acreditar nisso foi a maneira como o Vegeta desprezou o Dabura (que era tão forte ou superior ao Cell Perfeito) e o Gohan, e isso foi antes de ser possuído pela marca.
Portanto, se estivermos considerando o Vegeta sem a marca, acho que o Goku teria mais chances de vencer. É claro, também estou desconsiderando um período de treino hipotético no mundo dos mortos.