Como dito pelo membro acima, quem criou a organização primária da Akatsuki foi o Yahiko, após sua morte, passou para a administração do Nagato.
Só que paralelamente a luta do Nagato vs Hanzo, vemos no anime ( o mangá que eu me lembre não mostra), o Obito e o Zetsu matando todos os demais membros da antiga organização.
Ai, a partir disso, a Akatsuki muda de rumos e se assemelha aos objetivos propostos pelo Obito e pelo Madara, mas diretamente, quem criou a Akatsuki foi o trio de Amegakure.