Naruto tem elementos presente de varias religiões como Cristianismo, Budismo, Xintoísmo, Taoísmo fora as crenças populares, filmes, novelas e textos que o Kishimoto gosta.
Separar por religião e personagens que fica mais fácil de se entender:
Xintoísmo:
Izanagi (pai dos deuses no Xintoísmo)
Izanami (mãe dos deuses no Xintoísmo)
Yamata no Orochi (serpente das trevas para os xintoístas)
Susano (deus do mar)
Amaterasu (deusa do sol)
Tsukuyomi (deus da lua)
Kagutsuchi (deus das chamas)
Kamui (poder divino)
Koto Amatsukami (caminho dos deuses)
Izumo (inferno no Xintoísmo)
Taoísmo:
Elementos primordiais agua, terra, fogo, metal e madeira origem do selo dos 5 elementos que Orochimaru e Jiraiya usaram
Essência de todas as coisas Yin-Yang
Deus macaco Sun Wukong origem do Enma e o nome foi dado ao Son Goku (Yonbi)
Hinduísmo:
Chakra forma de energia no universo
Portões de chakra, são os 8 gates do Gai, Lee e etc...
Os 7 caminhos de Pain (Deva, Shurado e etc...)
Pontos de ramificação os tenketsus
Ashura e Indra e sua rivalidade
Senju Kannon a origem do Buda do hashirama
Makara origem do Mokuryuu
Selos
Cristianismo:
12 apóstolos de jesus seria Naruto e os 12 de Konoha
O que fraquejou e foi para escuridão (Judas) pequena referencia a sasuke talvez
A fruta proibida que Eva e Kaguya comeram
Jesus curou um homem cego e naruto fez basicamente o mesmo
Jesus e Lúcifer = Ashura e Indra, pois, deus escolheu um e o outro não aceitou
Homens crucificados (Kakashi e Kaiza)
Referencia a anjos
Crenças populares:
Teseu e o minotauro referencia pro chifre do Hachibi e Aldebaran terem o chifre cortado
Múmias, fantasma e homem invisível virando uma coisa só
Fuujin (deus do vento)
Raijin (deus do trovão)
Shinigami (ceifeiro)
Kyuubi (kitsune de 900 anos e tem 9 caudas)
Referencia a samurais (Mifune, tobirama, Sakumo, Hanzou)
Fio vermelho do destino (cabelo vermelho da kushina)
Quatro Deuses Celestiais origem dos poderes do Gai
Lenda de Kyoto a outra origem dos poderes do Gai
A Lenda do Cortador de Bambus origem de parte da Historia da Kaguya
Jiraiya Goketsu Monogatari inspiração para a formação dos 3 sannins e seus kuchiyoses
karasu tengu e konoha tengu origem da aparência dos megazord do sasuke, madara, indra, kakashi e etc...
Tem uma lenda sobre a Ostra do nidaime mizukage também mas não lembro o nome
É só questão de escolher o que ler e procurar a respeito, já vi ate referencia a Missão Impossível (cena do kakashi na montanha), Fusão do Bruce Lee com Rock Balboa (Rock Lee), kishimoto coloco ate nomes e poderes de outros personagens de outros animes no manga como Kurama e Kuuatsuken (Rasengan), Kuuatshurike (FRS) e Fuubunshin (Kage Bunshin)
Fora o Edo Tensei da Kikyou e tantas outras coisas, é um manga rico em referencias e fontes de inspiração é só questão de procurar