Não cara
Quando um kage bunshin é criado e um chakra externo é adicionado a ele (seja do inimigo ou não) esse chakra é repassado ao Naruto, por exemplo:
Clone do naruto absorve energia natural, esse chakra é repassado ao naruto
Clone do naruto ganha o chakra do shukaku, esse chakra é repassado ao naruto
Clone do naruto ganha o chakra da tsunade, hashirama, madara, esse chakra é repassado ao naruto
O mesmo ocorreria com o Tsukuyomi, certo ? Tipo, causar dano no clone e o dano ser repassado ao naruto, mas, eu não acho que seria assim, porque pelo menos para min dentro do Tsukuyomi o kage bunshin do naruto teria 3 dias para simplesmente se desfazer, ou seja, cancelar a técnica e evitar danos.
Se o kage bunshin vai fazer puf depois de 3 dias dentro do tsukuyomi
Se o kage bunshin vai fazer puf depois de 3 segundos dentro do tsukuyomi
Eu não sei, sei que se o clone quiser ele some de dentro do tsu e não sofre danos, do lado de fora o tempo parou, mas, lá dentro pelo menos para min o clone teria tempo de sobra para cancelar a técnica e sumir sem apanhar