Não poderia
Para usar o Susano seria necessário muito chakra do senjutsu para tornar o mesmo imune aos efeitos do Onmyouton
Obito não podia usar o Kamui por não ter senjutsu
Madara tinha senjutsu (roubado do hashirama) e por isso podia usar o Kamui
Madara tinha senjutsu mas era em pouca quantidade, inferior a necessária para usar no susano
Aparentimente o Onmyouton presente no chakra do Juubi afeta não apenas os jutsus dos inimigos do Jinchuuriki do Juubi, mas, os jutsus do próprio jinchuuriki do Juubi, para anular/neutralizar isso, é necessário que o jinchuuriki do juubi use senjutsus nas suas técnicas para que elas não sejam afetadas pelo Onmyouton.
Madara teria de roubar muito mais energia natural do hashirama e fazer dela presente no susano para ele não desaparecer diante do negador de jutsus