Bom, a qualidade do chakra pode curar, pode fazer um jutsu ficar mais poderoso, pode evoluir um dōjutsu, pode dar vários benefícios.
Vamos ver alguns:
» Chakra da Kurama no Kakashi fez o Kamui ficar mais rápido.
» Chakra do Hashirama no Danzō fez o delay do Kotoamatsukami diminuir de 10 anos para 1 hora.
» Chakra Sennin no Naruto (Rikudō Senjutsu) fez com que ele ficasse muito mais resistente e forte.
» Chakra do Hagoromo no Sasuke fez nascer um Rinnegan com tomoes e um Chidori simples fatiar o Madara Jinchūriki.
A qualidade pode trazer benefícios, e eles variam de acordo com o chakra. Mas de forma geral é isto: deixam os jutsus da pessoa mais fortes e alguns dão resistência, outros dão ambos benefícios (Senjutsu e chakra da Kurama dão ambos).
Também tem o fato de que a qualidade pode compensar quantidade em alguns casos.
Um Rasengan minúsculo do Naruto atual > um Rasengan enorme do Konohamaru.
Um Chidori pequeno do Sasuke atual > um Chidori enorme do Sasuke do início do Shippūden.
É assim que penso.