Qual o Melhor estilo Ninja?

Ninjutsu. Porque eu curto uma destruição.  

Ninjutsu tem um melhor poder de finalização, tem vários meios de utilização podendo ser usado tanto para atacar quanto para se defender, até mesmo parar um bijuu ( se você for o brabo ).

Por isso prefiro ninjutsu, não posso nem imaginar o quão chato seria uma luta sem ninjutsu ( a não ser que tenha um 8 gates, ou um 'ri negão' )

Gosto muito dos três estilos, cada um tem as suas particularidades.
Mas escolho Ninjutsu que é um estilo mais versátil podendo existir vários tipos diferentes de uso.

Eu acho que não tem nenhum estilo que seja "melhor". Todos têm prós e contras, e eu julgo serem bem balanceados. Um especialista em Ninjutsu, como o Hiruzen, pode muito bem se nivelar a um especialista em Taijutsu, como o Gai, ou em Genjutsu, como o Itachi. Não tenho um favorito, mas em combates sem conhecimento acho que o Genjutsu é mais efetivo. Com conhecimento, Taijustu e Ninjutsu ficam em vantagem, mas nivelados entre si.