Sim, ele tinha
O edo tensei no modo piloto automático faz com que o shinobi use todos os recursos que possui durante o combate de acordo com a necessidade, sendo assim, o itachi tensei caso precisasse usaria o Izanami no piloto automático
Entrentanto, isso só funciona no automático onde o tensei reage de acordo com suas próprias capacidades físicas, é como se o edo tensei pensasse sozinho e o kabuto não precisasse controlar o corpo do revivido ou saber seus poderes.
No modo manual, controlando absolutamente os movimentos dos revividos, o Kabuto obrigatoriamente teria de saber da existência do jutsu para que ele fosse usado, o que não era o caso já que o kabuto desconhecia o izanami
Kabuto deixasse o itachi no piloto automático, ele teria o izanami a disposição mesmo sem saber
Kabuto deixasse o itachi no controle absoluto, ele não teria o izanami a disposição pois desconhecia a existência desse jutsu