Primeiro, existem várias versões traduzidas para esse "D".
Note que do japonês para o inglês as traduções são muito ruins, as línguas são muito diferentes em um nível fundamental, o que significa que "a vontade de D" pode significar inúmeras coisas:
A vontade da pessoa - O antepassado da linhagem de pessoas que têm "D" em seu nome;
O fato de que todas as pessoas com "D" tendem de alguma forma, mudar o mundo, abalar o mundo etc... Acho a mais correta.
Foi dito por roger que essa história foi "há muito tempo". Aparentemente é uma linhagem como podemos observar, (Garp, Dragon e Luffy).
Também poderia ser a linhagem de um líder que fez algo no "século perdido" há 800 anos, quando o governo mundial foi criado. Os gorousei já afirmaram que os "D" sempre trazem problemas, e que esse nome está aparecendo com muita freqüência hoje em dia, isso significa que eles temem essas pessoas, e querem elimina-las o quanto antes. Esses caras não são idiotas supersticiosos, eles são os gênios do governo.
Outra coisa interessante e que tem uma teoria que afirma que o "D" significa DIABO. Outra coisa interessante e que nunca foi dito de onde os frutos do diabo vieram, e já notou o quanto isso se destaca? São bem misteriosos...
A pessoas não parecem saber quais poderes eles vão obter, mesmo a CP-9 comeu frutas sem nem saber o que iria acontecer. Acho que ate mesmo o governo mundial não tem nem idia sobre isso. Talvez 800 anos atrás, houve um demônio que criou o poder dos frutos...
Bem, o Oda deixou isso para um futuro próximo... espero estar vivo para saber.