Não dá pra afirmar nada sobre isso.
As únicas Gudoudamas que ele tocou foram as do Naruto, e obviamente o Naruto não ia ativar o Onmyouton e desintegrar o amor da vida dele
As Gudoudamas não são automáticas, elas são controladas pelo user, o user quem controla quando ela vai mudar de forma ou quando ela vai usar elemento X ou Y, então quando o Naruto fez a Plataforma pro Sasuke e ele subiu, o fato dele não ter sido desintegrado não mostra nada, já que obviamente o Naruto não faria ele subir na Gudoudama com o Onmyouton ativo.
Então no mostrado, Não, ele não é imune as Gudoudamas.