Certamente ele pegaria o Olho do Shisui, mas se ele usaria, é outra história.
Obito tinha duas possibilidades, usar Kamui + KA, ou Kamui + Rinnegan.
Ele poderia usar um Genjutsu de alto nível, mas que pode ser burlado de várias formas.
Ou usar os Paths, e ter nada mais, nada menos que 6 Bijuus a sua disposição.
Obito iria lutar com Jins Perfeitos, o K.A não seria útil, já os Paths seriam.
Então, ao meu ver o Rinnegan seria melhor que o MS do Shisui.
Nego Superestima muito esse Genjutsu, ele ficou mt no Dito, no mostrado, foi burlado por um simples Samurai. Ele é sim mt útil, mas não tanto para uma batalha, ao meu ver não.