Vou ser o mais claro possível, espero que não fique difícil de entender.
1° - Sim, Trocar os olhos burla a cegueira, porém, ao fazer isso, dependendo dos olhos de quem ele pegasse, ele perderia seus poderes originais e ficaria com os poderes dos olhos que roubou/ganhou, ou seja, o nível dele mudaria, para maior ou menor.
2° - Se você não entendeu a parte de perder os poderes, eu explico usando o exemplo que pediu, Shisui com os olhos do Itachi.
Itachi com seu MS = Susanoo, Tsukyomi e Amaterasu (Susanoo é uma habilidade padrão do MS, então qualquer MS full tem o Susanoo, só muda a forma).
Itachi com o MS do Shisui = Susanoo e Kotoamatsukami.
Ou seja, sendo bem claro, se o Itachi pegasse os dois MS do Shisui, ele teria os dois poderes do MS do SHISUI, que são o Susanoo e o K.A, caso ele pegasse o MS esquerdo, ele teria o Susanoo + Tsukuyomi + K.A, isso pq o Amaterasu é um poder do olho esquerdo do Itachi (ou direito sei lá), então se ele trocasse o olho esquerdo, perderia o Amaterasu e ganharia o poder do MS que ele pegou.
A única forma de manter seus poderes originais completos e até melhorados, seria conseguindo o FMS, utilizando o MS do Sasuke.
E sobre o Obito, não precisa ter irmão para despertar o FMS, pode ser o MS do próprio pai se o cara tiver um, para despertar o FMS, precisa do MS de um parente de sangue próximo, sendo irmãos e Pais os mais aptos a tal troca.
Agora sim, postei no tópico certo
entendedores entenderão