Sinceramente, acho que nenhuma das duas opções seja a resposta certa
Naruto sozinho jamais teria vencido o Pain, não fosse pelo sacrifício do Jiraiya, Kakashi, Shizune e esforços combinados da Tsunade, Katsuyu, Inoichi e todos em konoha, o naruto simplesmente teria sido capturado
Naquela luta, houve todo um trabalho de inteligência, reunindo informações sobre o inimigo e seus poderes, somente assim perceberam como o rinnegan, shinra tensei, rinne tensei e demais poderes do nagato funcionavam
Fora todo esse conhecimento sobre o inimigo que o Naruto possuía graças a terceiros, o poder do Pain Tendou (Shinra tensei) não foi usado no inicio da luta, somente depois de uns 5 minutos de combate é que esse poder começou a ser usado para ataque e defesa
Conhecimento e restrições favoreceram o naruto, além disso, ele teve a ajuda da katsuyu, paw, maw, bunta, ken, hiro, hinata, minato e Kyuubi, são ajudas de peso, retire qualquer um desses elementos da equação e talvez o naruto não sobrevivesse
Mesmo a cena final do naruto usando os kage bunshin, burlando o shinra tensei e acertando o Rasengan eu não consigo chamar de protagonismo pois é algo que o naruto realmente seria capaz de fazer, não acho que seja anormal ou forçado
Não acho que teve protagonismo, mas, dizer que o naruto venceu o pain sozinho é brincar de deturpar os fatos
Não existe nenhuma outra luta no manga onde tanta informação foi recolhida sobre o inimigo, onde tantas restrições, condições, situações e afins foram usados para igualar o combate, talvez a única que existia um nível muito desigual nos combatentes e precisou de ajustes para que as coisas ficassem igualadas foi a luta final do Naruto vs Sasuke no vale do fim, mas, tirando essas as outras nunca houve tanto esforço para que tal resultado surgisse do confronto