Claro que ela não seria considerada uma nukenin, pois, não apenas o fato em si (curar um vilão) seria analisado, mas sim, todo o histórico e passado da pessoa, tudo seria levado em consideração antes de a classificar como tal.
Tsunade é neta do fundador de konoha, ela própria revolucionou a aldeia e curou milhares de ninjas do pais do fogo, ela é uma heroína de guerra, uma das sannins, ela é amiga de infância do orochimaru, ela era ex aluna do Hiruzen e etc... são muitas coisas para se relevar
O principal fator para definir que a Tsunade seria ou não classificada como nukenin no final seria a própria tsunade, suas atitudes, falas, atual modo de pensar e etc...
Por exemplo:
O caso do sasuke, ele era um órfão, passou por todo o incidente do massacre dos uchihas, queria vingança e foi morar com o orochimaru, apesar de estar junto de orochimaru como um aliado dele, ainda assim ele não foi classificado como nukenin
O caso dos uchihas é outro claro exemplo, apesar do clã uchiha tentar dar o golpe de estado, Konoha fez todo um teatro e imbróglio nos bastidores para que os Uchihas saíssem como vitima do Itachi e a reputação, fama e prestigio do clã não fossem manchados diferente do que ocorreu com o Clã Kaguya em Kiri
O caso do madara então, ele atacou konoha inúmeras vezes, tentou matar o Shodaime e recebeu uma estatua no final em sua homenagem
Tsunade é um ídolo para muitos jovens em konoha, sua reputação, fama, legado poderiam apagar um pequeno deslize, caso ela apesar de ter cometido tal ato ainda fosse leal a konoha... curar os braços dele no final das contas seria apenas um de muitos fatores a serem considerados
Outro exemplo é o próprio Jiraiya, ele em tempos de guerra, abandonou o exercito da folha e viveu por 3 anos em um território inimigo ensinando jovens táticas de guerra, ele não foi considerado traidor porque a mentalidade dele e lealdade dele continuava com konoha, não foi o fato em si dele ficar em outra vila que foi considerado o principal, foi todo o contexto
Em konoha há muitas pessoas inteligentes, Tsunade mesmo curando o orochimaru dificilmente seria considerada uma traidora