O que aconteceria é que de fato, o Madara seria o vilão final, o vilão preparado com muita antecedência pra ser o vilão final, principalmente e circunstancialmente depois que o Obito foi derrotado.
Madara seria um vilão muito melhor que a Kaguya, não dá pra negar que ele era melhor preparado pra vilão final, as batalhas contra a Kaguya foram absurdamente rasas e vazias,a participação do Sasuke antes da jogada final foi praticamente irrelevante, tudo o que aconteceu foi um Naruto vs Kaguya e o selamento dela.
Fora que, particularmente, já que não parece ser a opinião geral daqui, pra mim a participação do "time 7" como um todo foi patética, Kakashi precisou que o Obito fizesse um Hack jamais visto, que é voltar da morte provavelmente usando o Kamui e claramente incorporando nele, pra mim seria melhor o Obito ter dado o Outro olho antes da morte, e a participação da Sakura pra salvar o Sasuke necessária, mas sem relevância pra história. rolou um romance e eles meteram o pé, simples assim, seria melhor preencher isso com uma boa luta, por isso acho que o Madara seria melhor pra isso.
Muito por causa da personalidade e falta de habilidade da Kaguya, a luta toda foi sem graça, do início ao fim, sem exceção, e aquela história de "Criança da profecia" virou Time 7 da profecia, pra mim o Madara ocuparia muito melhor esse espaço do que a Kaguya.