O próprio anime mostra que não ficava
Kakashi era o líder do time RO
http://pt-br.naruto.wikia.com/wiki/Time_Ro
O time liderado pelo kakashi tinha como membros: Yamato, Itachi e a outra mina lá
Itachi por suas capacidades foi promovido e passou a liderar seu próprio time em missões
Capitão de um time da Anbu tem o mesmo valor que um Jounnin liderando um time de outros jounnins, imagina o Kakashi, Kurenai, Shizune e Asuma indo em uma missão, todos são jounnins mas apenas um deles seria o líder e esse líder seria chamado de capitão
Ser o capitão não quer dizer que você seja o mais poderoso, indica que pode ser o mais inteligente, maduro, habilidoso, experiente e etc... fora que dependendo da missão, um ou outro pode ser o mais qualificado para líder