Primeiramente lembrando algo que você citou, aquele episodio era um filler assim como aquele jutsu é um filler!
Se eu consegui entender bem aquele arco, o jutsu que eles iriam utilizar iria selar o Sanbi naquele pergaminho, incrivelmente aquele pergaminho que iria ser utilizado por 4 ninjas nível jounin no máximo para fazer aquele jutsu tem tanto poder quanto esse artefato aqui:
Exatamente aquele simples pergaminho com aquele jutsu tinha o mesmo poder de uma arma lendária do rikudou, então sim existe um jutsu igual, que seria essa arma do rikudou.
Por que não utilizaram isso antes? Porque primeiramente se você selar a bijuu dentro do pote do rikudou ela não vai servir como arma para as guerras, que seria o objetivo principal, segundo que nem imaginavam que a akatsuki estava atrás dos bijuus até ela ir atacar e capturar o Kazekage Gaara, e só tomaram uma iniciativa quando supostamente capturaram Killer Bee, quando esse segundo fato ocorreu só existiam duas bijuus e uma estava dentro do herois de konoha e favorito da Hokage e a outra dentro do irmão do Raikage, é obvio que não retirariam elas de dentro deles para selar em objetos...
Mas em um mundo paralelo onde esse filler fosse a história, e ele tivessem sucesso, nada iria impedir o Pain de reunir sua trup, invadir konoha destruindo tudo, e dar um jeito de localizar o pergaminho e depois usar o jutsu do dragão no objeto retirando dele a bijuu selada.
nota: A aldeia da areia antes de migrar o Shukaku para outro jinchuriki, o armazenavam dentro de um pote/bule.