Eu mudaria a historia praticamente toda.
Não existiria o Rikudou, seria somente uma lenda/religião que ninguém teria certeza se existiu. Significa que com isso o shippuuden inteiro seria jogado no lixo.
Não teria FMS, Itachi continuaria mau, Naruto não salvaria o mundo (pelo menos até virar Hokage, mas aí ja estaria no fim da historia). O clã Uchiha seria o maior do mundo( em quantidade de pessoas), seria uma mini-vila dentro da vila da folha, e com isso alguns outros Uchihas se salvariam do massacre, uns 5 no maximo e ficariam desaparecidos.
Exploraria bem as outras vilas e seus respectivos clãs, colocaria mais doujutsus.
Niveis equilibrados de poder, nada de nivel deus. O nivel de poder das lutas seriam mais ou menos como a luta do sasuke x itachi, gaara x sasori (nada muito alem disso), então o susano'o,amaterasu etc seriam usados com muita cautela assim como o itachi usou. Ninguem conseguiria ficar no nivel de poder do Madara e Hashi. Talvez eu tiraria as bestas da historia mas se existissem seria irracionais (nada de ficar conversando), e os jin não seriam capazes de domina-los ou virarem amigos, e sim treinar para usarem o maximo de poder das bestas que o corpo deles suportassem e continuariam a serem dominados por elas.
Como os poderes seriam nerfados, os samurais e aqueles monges carecas(pleonasmo?)
do país do fogo lutariam páreo a páreo com os ninjas.
Os Anbus seriam focados, não seriam fantoches só pra dizer que quem os matou eram fortes.
Personagens esquecidos como Orochimaru,Anko,Neji etc seriam focados.
O kakashi "mataria" a Rin quando ele fosse adulto, talvez deixaria o Tobi ser o Madara e não ser o Obito.
Devo ter esquecido algumas coisas, mas
resumindo.
Naruto seria um anime, em maioria, de lutas aleatorias como se fossem mercenarios praticamente e de vez em quando aconteceria algo diferente.
Como a invasão à Folha, A guerra ninja(mas seria entre as vilas) etc
E quando a historia estivesse bem saturada, o Naruto Hokage salvaria o mundo e fim.
Se alguém leu essa bíblia até o final, percebeu que eu gostei de poucas coisas no shippuuden.