Há dois fatores, que na verdade estão interligados: o corpo que recebe, e, consequentemente, a forma de absorção. Energia da natureza, como o próprio nome diz, é energia, e, portanto, há de resultar conforme o meio em que atua. Se você pegar Naruto, Minato e Hashirama, ambos são humanos "comuns", e portanto não possuem deformidades/alterações físicas. Mas, por causa das assinaturas de Chakra de Naruto e Minato não serem iguais às de Hashirama, que tem bastante diferença neste aspecto, ele apresenta maior rapidez de absorção e marcas externas diferentes. Já, se você pega alguém que já nasceu para coletar energia da natureza, é normal que o corpo desta pessoa tenha mudanças para suportar este diferencial, e aí temos o Juugo e os do clã dele. Agora, mescle um humano com cobras e outros DNA's e coloque células do Juugo para alimentar com energia natural esta combinação: terá o Kabuto, o Mitsuki e etc. Entende?
Hashirama tem um Chakra com assinatura muito similar à do Shinju, que era uma árvore, por isso Hashirama tem o Mokuton, que dá fonte à vida da natureza (árvores), o que justifica ele coletar a energia de modo muito mais rápido. Então, como pode ver, não só questões físicas como questões concernentes às propriedades do Chakra acabam por contar.
Quanto ao Juuin, selo amaldiçoado, ele é parecido com o que Kabuto e Hagoromo fizeram: ambos fundiram assinaturas de Chakra em uma segunda fonte. Assim como o Sharingan de Obito era alimentado pelo Chakra de Kakashi, a assinatura de Rikudou era alimentada pelo Chakra de Naruto e Sasuke e a assinatura de Juugo era alimentada pelo Chakra de Kabuto, o processo do selo amaldiçoado (que só foi possível graças ao Juugo) muito provavelmente conta com células e Chakra do Juugo, na transição de quase morte que funde ao sistema de Chakra do Ninja, fazendo dele um "pseudo-Kabuto", ou seja, tentando adaptar o corpo dele ao recebimento de energia natural, tal como os nativos do clã do Juugo (não é atoa que quem possui o selo acaba se transformando como o Juugo). Isso também é comprovado pelo fato de o primeiro nível do selo mostrar marcas, que seriam as marcas do Modo Sennin. No Jutsu Versus costumamos dizer que o selo é um pseudo-Modo Sennin, já que ele é quase um, só que reúne bem menos energia natural.
Enfim, a diferença é basicamente esta, eu explano melhor se sobrarem dúvidas.