Na minha concepção, ela não morreu porque a importância naquele momento não era o que aconteceria ou não com a Hinata, e sim despertar a fúria do Naruto pra que a Kyuubi acabasse entrando em ação, essa era a ideia do Kishimoto.
Pensando dentro da história, pra mim é bem simples a razão dela não ter morrido. Nagato teve sim a intenção de matar a Hinata, as palavras dele por si só provam isso, e pra mim não tem nem a ver com tentar matar lentamente ou não, e sim com o fato de que, sendo um golpe fatal ou não, ela morreria de qualquer forma, só não morreu porque a Kyuubi entrou em ação e ela pode ser curada. Isto é, independente de acertar diretamente em um ponto vital ou não Nagato sabia que ela iria morrer, e iria mesmo caso não fosse pego de surpresa, além do fato disso acabar servindo pra que ele mostrasse ao Naruto o que era a dor e etc. Não tinha razão pra ter pressa, ela já havia caído totalmente incapaz de qualquer coisa.
Tempos atrás eu acreditava que, na época em que o mangá foi lançado, a morte da Hinata poderia causar um alarde muito grande. Ninguém sabia que todos seriam revividos pelo Nagato àquela altura, principalmente pela alta popularidade dela, fãs chatos certamente estariam de plantão, seria como matar o Sasuke por exemplo, e por mais que o Kakashi também fosse bastante popular, talvez a morte dele não causasse tanto espanto assim no público.
Mas enfim, besteira, é como eu disse ali acima.