Claro né, um dos poucos personagens decentes do mangá morreu naquela saga.
Na verdade, a guerra foi boa, é até natural que os vilões e mocinhos não fossem tão explorados.
Basta entender que na Saga Pain, o vilão era SOMENTE o Nagato, nem a Konan foi realmente explorada ali.
Então a história, as técnicas e a emoção da batalha em si seria muito mais desenvolvida. Enquanto que na guerra, tiveram lutas que duraram alguns capítulos somente, mesmo diante shinobis considerados importantes como os antigos Kages.
O que eu não gostei nessa guerra foi o hype excessivo colocado para cima do Naruto e Sasuke, esquecendo até mesmo de Konoha 11,que teve um mísero destaque lutando contra os mini Juubis.
Os Akatsukis também nem deveriam ter sido revividos, a exceção do Itachi, que teve enredo para trazê-lo de volta.
Nagato na guerra só serviu para mostrar que ele ele tinha os poderes de Pain , mais nada.
Sasori não serviu para porra nenhuma, Kakuzu e Deidara idem.
Enfim, o problema da guerra além do aumento absurdo do ritmo de luta pós Jins do Juubi, foi a falta de exploração dos personagens secundários, mortes desnecessárias de alguns personagens (Neji) e falta de emoção no geral mesmo.
Na saga Pain tivemos a Hinata se declarando para o Naruto, Jiraya e Kakashi sendo mortos, a vila sendo destruída, entre outros fatores.
Na guerra não me lembro de algo que realmente tenha sido marcante, tirando a despedida de Naruto e Minato e a declaração de Itachi para Sasuke.