Considerando as habilidades padrões, os dois são a mesma coisa, e nem dá pra usar o Kabuto como exemplo, já que o SM dele não é puro, é cheio de hack, ou seja, nada garante que qualquer pessoa que consiga o SM das cobras, vá conseguir os mesmos jutsus.
O Goemon não é um Jutsu do SM, Jiraya usa ele até mesmo sem SM ativo.
A única "vantagem" do SM das sobras, é a tal córnea de cobra, habilidade que eu tenho minhas sinceras dúvidas se tem a ver com o SM, ou se é uma só uma habilidade conseguida graças ao DNA do Orochimaru, assim como a troca de pele e etc.
Agora, se for considerar os Jutsus, o Genjutsu torna o SM dos sapos, bem superior.