Não acho que faça sentido essa crítica, a criação de muitos personagens e vários tipos é para preencher uma trama rica e diversificada e contextualizada, construir o mundo de Naruto e pelo menos oferecer um esboço das muitas camadas dele e outros aspectos, não significa que ele tenha a obrigação ou que deveria desenvolver todos os personagens que ele cria, até porque a maioria deles tinha por objetivo fazer desenvolver a trama através de suas diferenças, em alguns casos sutis como filosofias de vida, pontos de vista, relações e etc e em outras o desenvolvimento da história particular dos protagonistas e lógico os poderes deles e mostrar como a lógica do chakra, principal força motriz da série, funciona, como essas várias esferas interagem umas com as outras.
Fora toda a logística da revista dos editores e do próprio Kishimoto para administrar isso, eu acho que dentro das possibilidades dele, foi um trabalho bem feito e comercialmente é bastante conveniente, deixa bastante espaço para ser explorado por outras mídias como games, novels e etc, ele ganha dinheiro, espaço e tempo para se envolver em qualquer projeto em relação a Naruto se ele quiser.
Eu acho que os personagens que ele criou e desenvolveu em vários graus, serviram ao propósito que tinham dentro da série, nisso há pouco que se criticar em Naruto.
E mesmo que ele tenha criado muitos personagens e esboçado muitos enredos, ele pouco perdeu o foco da parte que era o principal em Naruto.