Eu acho que sim. Todo o enredo de Naruto já estava planejado, Kishimoto apenas tinha que chegar até lá.
No Classico varias pontas soltas começaram como:
Juinjutsu que sela o Byakugan, nunca foi explicado o motivo dos Hyuugas serem tão protetores com o Doujutsu, algo que ficou claro quando Kaguya/Hamura/Tenseigan foram incluídos na historia.
Frase do kakashi no Classico "Dizem que a origem dos Uchihas esta junto a dos Hyuugas" <- Se referindo a origem dos Clãs, Kakashi relacionou Uchiha com Hyuuga, algo que também é explicado mais pra frente ao revelar que os Uchihas e Hyuugas descendem diretamente dos filhos da Kaguya.
Bijus foram introduzidas se não me engano como "desastre da natureza" fazendo referencia a Shinju.
Clã Kaguya que também tem existido desde o Classico, a doença que matou o Kimimaru ao qual o Kabuto não descobriu a causa e o fato do Clã se matar porque eram "loucos" like Kaguya.
Zetsu Negro ser um personagem que já existia desde o Classico, Kishimoto já tinha criado um enredo para ele aqui.
etc, etc, etc... Se for pegar os detalhes da para ver que uma coisa vai se conectando a outra ao longo de todo o enredo e se explicando na Kaguya, um enredo criado as pressas não surtiria o mesmo efeito ao ponto de resgatar coisas lá do Classico para ser explicada no Shippuuden, levou 600 capitulos para explicar tudo isso, se Kishimoto nao tivesse ideia do que estava fazendo, essas coisas deixadas lá atrás não teriam sido explicadas agora.