Primeiramente, se for inteligente o suficiente, vai saber que nem todo user de MS é igual, todos tem poderes diferentes.
Logo, são N formas diferentes de lidar com os poderes do MS.
Susanoo - Jutsus destrutivos o suficiente pra acabar com o Susano ex. Bijuudama.
Genjutsus - Lutar de olhos fechados, ser imune a genjutsu, ser Jin já ajuda a burlar a maioria dos gens.
Ametarsu/Enton - Absorção de chakra, ST, mantos de chakra, sensor, velocidade.
Kamui - Hiraishin, velocidade, clones.
Agora derrotar os usuários, cada caso é um caso, dá pra derrotar o Obito com Hiraishin e Clones, mas não é qualquer pessoa que usa Hiraishin ou que usa clones tão bem o suficiente pra lutar contra ele.
Nem todo mundo possuí sensor, velocidade, absorção de chakra, shinra tensei, manto de chakra Bijuu pra lidar com Amaterasu.
Nem todo mundo pode lutar de olhos fechados ou sem olhar nos olhos de um user de MS, mas quem pode pode e consegue.
Como eu disse, são formas infinitas de derrotar os poderes do MS, derrotar os users é outro assunto, mas também existem N personagens que podem derrotar users de MS.
Isso é algo tão simples de entender.
Seria mais fácil simplesmente citar qual o user de MS em questão você se refere.