Claro que pode.
Desde quando o rearranjo molecular interfere na absorção de chakra ?
Seja no estado sólido, líquido ou gasoso, o Gakido tem um funcionamento BEM CLARO, que é absorver o chakra. Se tem chakra, o jutsu será desfeito. Simples assim...
O Goemon é óleo fervente e nem por isso o Gakido deixou de surtir efeito por estar no estado líquido.
Doton, Mokuton, Hyouton, tudo isso pode ser tranquilamente anulado pela técnica, respeitando logicamente limites como composição de chakra, tamanho e etc.
E o Gakido não anulou o Mokuryuu pq o Mokuryuu também absorve chakra. Simplesmente iniciou-se um ''embate'' ali para ver quem absorveria mais chakra e no fim, vimos que o Madara que já estava imobilizado pelo dragão, não conseguiu desfazer o Mokuryuu. Só que ao contrário do que muitos pensam, nem dá para saber qual dos dois realmente tem uma absorção mais rápida, pois eles podem simplesmente ter capacidades de absorção iguais.