Acho que dá uma luta de igual pra igual. Os dois são bem pareados pra mim. Vou explicar o porquê.
Gotenks em Super Saiyajin 3 foi capaz de lutar de igual pra igual com Super Majin Boo (aquele Majin Boo musculoso e alto) e até o superar em certo ponto. A luta já ia acabar, Gotenks ia finalizar ele, mas a transformação em Super Saiyajin 3 acabou, e depois a fusão também. Então, a luta acabou por terminar desse jeito, sem um vencedor definido
Para mim, Boo Criança não tem um nível de poder muito diferente do Super Majin Boo; pelo contrário, os considero nivelados. Digo isso, pois, Majin Boo fofinho/bonzinho (aquela primeira forma que apareceu, depois de Babidi e Dabura reunirem energia suficiente e o libertarem do casulo em que estava preso, essa é um dos jeitos de eu o chamar) lutou de igual para igual com Goku em Super Saiyajin 3. Majin Boo fofinho após se enfurecer intensamente se dividiu em dois Majin Boo, um igual no físico e na personalidade a esse Majin Boo que se dividiu em dois, e um Majin Boo diferente. Esses dois Majin Boo lutaram e o diferente venceu e comeu esse segundo, se tornando assim o Super Majin Boo. Super Majin Boo não tem nada que o coloque acima do Majin Boo fofinho, Majin Boo Criança conseguiu lutar em pé de igualdade com Goku Super Saiyajin 3. Se o Majin Boo fofinho/bonzinho (original, antes de se dividir) conseguiu fazer igual, mesmo que em um combate prévio/rápido, acho que dá pra dizer que eles têm o mesmo poder. E Super Majin Boo, novamente, não mostrou nada que o colocasse acima dessas outras versões em poder, apesar de não ter nada também que o coloque abaixo.
Existe uma menção sobre uma mudança no ki de Majin Boo (aquele diferente, que comeu/absorveu o Majin Boo fofinho/bonzinho) após ele se tornar Super Majin Boo, mas acho que isso se deve ao fato de ele ter ficado mais mau e perverso após isso, o que mostra uma alteração em sua personalidade. Talvez tenha sido como se ele tivesse virado outra pessoa. Essa coisa de diferenciar o ki de cada um pode ser notada quando Cell eleva sua energia e começam a sentir diversos ki diferentes nele (de vários seres; Goku, Piccolo, Freeza, Rei Cold, Vegeta), no capítulo 361 do mangá Dragon Ball.
O ponto que eu quero chegar é, se Majin Boo fofinho/bonzinho, Super Majin Boo e Majin Boo Criança são todos iguais em poder, e Gotenks Super Saiyajin 3 lutou de igual para igual com o Super Majin Boo, ele em teoria deveria ser capaz de fazer isso contra o Majin Boo Criança também.
Eu diria que depende do desenrolar da luta. Se for como contra Super Majin Boo, Gotenks pode tomar a vantagem no final e ganhar a brecha para finalizá-lo (e/ou falhar depois disso). Mas não acho que aconteça desse jeito, pois Boo Criança parece ser um tanto mais descontrolado e espontâneo em relação a Super Majin Boo, então, apesar de considerar eles do mesmo nível de força, não acredito que a luta tomasse exatamente o mesmo rumo. Enfim, eles (Majin Boo Criança e Gotenks) são nivelados e ambos têm chances iguais de vencer.
Essa é minha opinião. Boa tarde.