Na verdade não é certeza que ele tinha mokuton, nem mesmo foi citado no manga!
Você ta com essa duvida porque no anime, tentaram fazer uma animação da época da Kaguya e do Hagoromo, e os animadores na duvida em, "que poder dar para Indra e Ashura?" pegaram o poder de seus sucessores (Hashirama, Madara, Sasuke e Naruto) e fizeram uma especie de adaptação tosca para eles.
Para você ter ideia do que eu estou falando, não acertaram nem o mangekyou do Indra.
Mangekyou original de Indra mostrados no manga! :
Mangekyou do Indra no anime, uma copia do Sasuke :
E não foi só esses detalhes, a história em si teve varias incoerências com o que foi dito no manga.
Sendo assim se for levar o que Kishimoto fez, Ashura tem os seguintes poderes.
Modo Ashura (que é essa entidade na qual se mesclou com a Kyuubi na batalha Naruto vs Sasuke).
Gudou damas (É possivel ver elas em volta do modo Ashura).
Modo rikudou (necessário para ter as gudou damas)
Chou Gudou damas (essas que o modo Ashura esta segurando)
Os 5 elementos (provenientes do chakra do modo rikudou)
mastro negro dos 6 caminhos (proveniente do modo rikudou)
Sensor (modo rikudou)
levitar
São essas as habilidades mostradas de Ashura!