Primeiramente é preciso entender que, segundo o conceito de Limbo existe uma outra dimensão paralela a nossa, as duas dimensões se interseccionam entre si, são palpáveis, porém invisíveis. A nossa dimensão, há dimensão onde vivem os humanos, é a única dimensão com vida, o que Madara faz, basicamente, é "criar um clone diretamente no Limbo" através dos poderes do seu Rinnegan.
Portanto, este clone pode tocar o mundo humano, assim como o mundo humano pode toca-lo, mas nenhum deles deveria ser capaz de se ver, os clones de Madara são capazes de enxergar o mundo humano através dos seus doujutsus, eis o motivo do porque Sasuke é capaz de enxerga-los também. Naruto por outro lado, devido ao seu "chakra especial" possui uma grande sensitividade que o permite sentir a presença dos "clones", mas por não possuir "olhos especiais" não consegue vê-los.