Vamos pensar...
Nagato sem chakra seria um Uzumaki full chakra que poderia aprender outras técnicas, dentre elas, técnicas de Fuuinjutsu do seu proprio clã.
Já o Obito sem o Madara seria um Uchiha random bobão que sempre levava foras de uma garota feia e sem graça e morreria esmagado por uma pedra, não sendo lembrado por ninguém.
Nagato foi manipulado ATÉ o ponto em que seus ideais eram os mesmos ideais do Obito. Se ele seguiria o plano Tsuki no Me quando reunisse os Bijuus todos ou não, o mangá NÃO nos dá pistas sobre isso. Só sabemos que Nagato queria os Bijuus para uma coisa e o Obito para outra, mas o MEIO de obtenção era igual : Caçar Bijuus.
Já o Obito achou que estava enganando o Madara, quando na verdade, foi ridiculamente enganado por ele. Ou seja, um cara arrogante que sempre esteve na palma da mão de um Uchiha bem mais esperto e sagaz que ele.
E foi o Yahiko quem criou a Akatsuki, se o Obito induziu ou não, isso pouco importa. Se alguém te estimular a abrir uma empresa e você o fizer, quem tem o mérito maior é quem REALIZOU A AÇÃO e não quem desenvolveu a ideia.
Então acho que o Nagato tava de boas mesmo...