Os melhores no geral, que dominam todas as áreas do controle de chakra, são.
Ootsutsukis => Por razões bem obvias, assim como os Hyuugas, eles tem um controle natural de chakra extremamente elevado, somado ao fato de diferente dos Hyuugas tradicionais, os Ootsutsukis terem um chakra extremamente poderoso também, seriam como senjus/uzumakis com as características Hyuugas.
Naruto => Tirando os Ootsutsukis Gods, detodos os outros personagens do mangá, o Naruto é o que tem os feitos mais complexos e impressionantes, isso tanto antes quanto depois de receber o chakra God do Rikudou, o FRS em si é uma realização que personagens como Minato e Kakashi disseram não poder fazer igual, além do dominio perfeito do SM, o dominio completo e total do chakra Bijuu, e sua maestria com clones, sendo que por mais simples que pareça, o KB é um dos jutsus mais desgastantes do mangá, usar o KB e sí já é um bom feito, e fazer isso na escala que o Naruto faz, é coisa absurda.
Hashirama => Preciso mesmo dizer porque?, além de dominar um SM desconhecido, é o único user registrado de um dos maiores megazords do mangá, além de ser um dos únicos personagens a possuírem uma regeneração "natural".
Sasuke/Madara => Pra mim eles estão no mesmo patamar.
Obito => O cara controlou 5/6 Bijuus ao mesmo tempo, isso suprimindo elas com as hastes do rinnegan, o que requer o uso do próprio chakra para controlar o ser em questão, além de ter suprimido e dominado o Juubi, esmo sem estarem plenas condições pra isso.
Nagato =>
Com exceção do primeiro rank, dos melhores em geral, os ranks abaixo não estão em ordem exata.
E tem os users focados em certas áreas do controle de chakra, pra quem não sabe, existem várias áreas do controle de chakra, existe os especialistas em fluxo de chakra, personagens como Tsunade/Sakura, Naruto e os Hyuugas são os que destacam na área, tem o controle da forma que é a especialidade de personagens como Hashirama, Jins, Naruto, Sasuke, Itachi e Uchihas em geral, tem o controle elemental com destaque para o Hiruzen e o Kakashi, e por ai vai.
Tsunade/Sakura (Especialidade: Fluxo de chakra).=> Eu pessoalmente acho MUITO exagerado esse Hype do Byakugou ser o ápice do controle do chakra, o BK nada mais é do que um Fuuin, quantos users de Fuuin temos no mangá?, todo fuuin necessita de grande controle de chakra, se comparado ao Fuuin dos Uzumakis, o Byakugou nem chega a ser algo tão complexo quanto o selo que o Minato usou pra selar a Kyuubi, ou a atualização que o próprio Naruto fez nesse mesmo selo pra conseguir ter acesso ao KCM, Byakugou em suma, é simplesmente um fuuin que guarda uma certa quantidade de chakra (aparentemente limitada, limite por exemplo que não existe no selo dos uzumakis) e o SS nada mais e do que a liberação desse chakra guardado, acho muito mais complexo o ato de moldar e exalar uma gigantesca quantidade de chakra elemental - como os Raikages fazem - do que guardar chakra em um selo, claro, não desmerecendo o conjunto de habilidades das duas no controle de chakra, não estou dizendo que os raikages são melhores do que elas, e sim que o hype do Byakugou e do SS é muita hiperbole mas na prática não é algo tão impressionante.
Hyuugas (Especialidades: Fluxo de chakra, Transformação da forma) => Estão praticamente no mesmo nível das personagens acima, eles tem uma habilidade natural em controlar chakra, realizam jutsus impressionantes sem recorrer a selos de mãos, pra mim um dos mais impressionantes são os leões da Hinata, moldar chakra na forma de algum animal/objeto e etc, é algo relativamente comum, MAS, o comum em fazer isso é usando selos de mãos, que facilitam o molde desse chakra, os leões além dessa diferença na execução, tem um efeito de uso diferenciado, que é a suposta capacidade de desintegrar/drenar outras técnicas em contado direto.
Sandaime Raikage e Kira A (Especialidades: Fluxo de chakra e Transformação da Natureza => O Manto de chakra deles fala por si só.
Itachi (Especialidades: Fluxo de chakra e Transformação da natureza) => Elementais (Transformação da natureza) Genjutsus (Controle de fluxo), e Susanoo (Controle de fluxo + Transformação da forma).
Kakashi (Especialidades: Transformação da Natureza e Forma) => Elementais em formas varias, sem o uso de Selos de mão).
Outros que vale citar, mas vou economizar porque deu preguiça de examinar direitinho as habilidades.
=> Minato.
=> Killer Bee.
=> Kisame.
=> Hiruzen.
=> Tobirama.
=> Muu.
=> Oonoki.
Obs: Todos os que eu citei são os melhores em geral, ou especialistas em alguma área.
Obs2: Não cito uchihas como especialistas no controle da forma, por mais que o Susanoo em si seja transformação da forma do chakra, ele conta com o auxilio do Dojutsu para ser realizado, eu não levei em conta o Hack do Madara, se fosse assim, teria de levar em conta vários hacks de outros personagens).
Obs3: O único jutsu que pode ser considerado o ápice do controle de chakra, são as Gudoudamas, afinal, são a mistura perfeita de todos os elementos, possuem qualidades únicas de anular ninjutsu, desintegrar materiais, e são extremamente maleáveis, sem necessidade de uso de selos.
