Não existe onde fundamentar sua opinião q Naruto perdeu o chakra das bijuus.
Sabe onde eu embaso minha opinião? No fato do Naruto não ter usados esses poderes na situação mais crítica possível. O Uzumaki enfrentou inimigos capazes de ameaçar o Mundo Shinobi inteiro, e ele simplesmente esqueceu de usar seus melhores recursos? Dá pra engolir essa?
É evidente que Kishimoto teve que nerfar o Uzumaki, ele terminou a guerra no mesmo nível de poder de um Jinchuurike do Juubi. Sabemos que a franquia ainda precisa ser conduzida, ficaria extremamente complicado para Ikemoto, achar uma maneira coerente de derrotar o Naruto Rikudou.
O Rikudou foi claro ao dizer que o Chakra das bijuus foi FILTRADO no Naruto, ou seja, MISTURADO AO SEU CHAKRA. Isso é lógico por ser contextualizado na obra. A reposição do chakra é algo natural, já que aquilo passou a ser algo do NARUTO.
Naruto 'filtrou' o chakra das Bijuus no sentido de que ele pode 'armazena-lo' por tempo indefinido. Agora dizer que Naruto pode repor o chakra, usando o argumento de que ele misturou seu chakra com o das Bijuus, não tem cabimento. Mistura de chakra é algo que acontece usualmente em Naruto. Onoki por exemplo, recebeu um grande quantidade de chakra da Tsunade, e misturou esse chakra com o seu, para usar o Super Jinton. Na sua lógica, Onoki deveria ser capaz de repor naturalmente o chakra da Tsunade dali para frente?
Chakra é regenerado sob a premissa de dois 'ingredientes': Energia espiritual +
ENERGIA FÍSICA. Isto é: energia física só pode ser gerado por um organismo funcional. Como Naruto, sem possuir qualquer parte física das Bijuus, seria capaz de gerar essa energia por elas?
Só temos um exemplo de shinobis que conseguiram repor o chakra de um Bijuu: Kin e Gin. E só conseguiram isso porque passaram semanas COMENDO A CARNE DA KYUUBI.
Quanto ao Poder dos seis caminhos, existem alguns meios de despertá-lo; O 1° é recebendo o chakra do Rikudou ( Sasuke ) o 2° é combinando o chakra das reencarnações de Ashura e Indra, resultando o chakra do Rikudou ( Madara ) e o 3° é combinar o chakra das bijuus ( Naruto )/( Databook ).
Acontece que Naruto Atual, além de não ter mais o chakra do Rikudou, não usa mais o poder das Bijuus, poder este que é representado pelos Noves Tomões. Por consequência, o Uzumaki não tem mais como ativar o RSM, que geralmente é representado pelas Gudoudamas (O DB praticamente crava que as Gudoudamas são uma extensão do Senjutsu dos Seis caminhos)
O poder dos seis caminhos somente eleva o nível das técnicas, assim como foi demonstrado por Sasuke ao utilizar o chidori. Obito demonstrou na barreira. Entende uma coisa, por mais q exista a química, isso não significa q a reencarnação anterior servirá para manifestar o chakra do Rikudou, já que aquele chakra foi reencarnado em outra pessoa. É ilógico pensar q UMA "alma" seria dividida em DUAS PESSOAS, pelo fato da outra uma acabar de retornar a vida. O chakra de Ashura e Indra foram repassados, não voltam mais. É lógico pensar q pelo fato daquele corpo ter sido um dia recipiente daquela reencarnação, ele tenha uma química ao se encontrar com as novas reencarnações. Madara disse que algo o ligava com o Sasuke.
Essa é um questão complexa. Rikudou disse que depois que a 'transmigração' de Indra se foi, Madara procurou outras maneiras de ganhar poder. Entretanto, Madara só despertou o Rinnegan pouco antes da morte, sendo que aquele Madara (velho) não possuía mais o chakra do Indra (em teoria)
Eu considero o chakra do Rikudou para a versão atual do Sasuke, apesar de saber da possibilidade de que as células de Hashirama não reproduzam o chakra dos sei caminhos no seu dele. Nesse caso, Sasuke entraria na mesma situação que Naruto: um chakra doado que acabou.