Se tratando de quantidade de Chakra, é algo imensurável, pois o Kisame pode absorver Chakra e isso faz com que essa avaliação seja impossível de concluir.
Se tratando de qualidade de Chakra, a gente já pode ter alguma ideia. Sabemos que a Samehada prefere ficar com o dono que tenha o Chakra mais poderoso, nesse caso, Kisame, mesmo quando lutou com Jinchūrikis como o Rōshi, continuou com a Samehada, então podemos supor que o Chakra de Kisame tenha uma qualidade maior que o do Son.
Obviamente que o que eu falei não passa de uma suposição.