Não tem nada haver com reflexos. No caso do Naruto KM1: ele ainda não dominava perfeitamente; o modo de chakra, sua velocidade e nem a Bijuudama. Porém,
seus reflexos já eram do mais alto nível, prova disso, é ele ter dificuldades para lidar com o Manto lv1 do Raikage, e logo depois, conseguir esquivar com folga da velocidade máxima do Raikage.
Será que os reflexos do Naruto aumentaram repentinamente, ou estamos falando de um Ninja que não controlava perfeitamente suas capacidades?
Do Naruto KM1 para o Naruto RSM, existe uma diferença absurda de: controle de chakra, qualidade de chakra, e quantidade de chakra; Todos esses três quesitos influem diretamente na velocidade de um Ninja.
A velocidade padrão do Naruto KM1/KM2 realmente pode ser acompanhada por quase todos os Shinobis de alto nível. Porém, é inevitável que ele use Shunshin no Jutsu, multiplicando assim, por várias vezes, sua velocidade padrão, o que não dá reação, a praticamente todos os personagens que não tenham: super velocidade ou T\S.
Agora falando do Naruto RSM: O buraco é bem mais em baixo:
A velocidade 'padrão' desse Naruto já é absurdamente alta. Na imagem acima, Madara Rikudou pisca, e Naruto já está em cima dele.
Ele é incapaz de usa-la constantemente, se restringindo a usa-la pouquissimas vezes durante um combate.
Tu queria o que? que Kishimoto fizesse Naruto se mover como um relâmpago o tempo inteiro? É inevitável Naruto usar super velocidade em algum momento da luta. Já que em praticamente todas as lutas, Naruto em algum momento, deixou seus oponentes sem reação. E se até a personagem mais poderosa sofreu com isso: o resto está ainda mais suscetível.