Achei que o Rinnegan fosse um doujutsu independente de evolução. Que só tendo a combinação de Indra e Ashura já era o bastante.
Sim, é independente, todos os personagens no manga possuem olhos comuns como o meu e o seu, nao importa se o olho é preto, azul, verde porque se o chakra usado for o certo (por exemplo indra + ashura) ele vai ativar determinado doujutsu, mesmo alguem que tenha olho verde desde que nasceu pode ativar o sharingan, mesmo alguem que nasceu com olho azul pode ativar o byakugan.
Mas, para ativar é preciso querer, o olho do madara era comum, era um olho preto, quando ele ativou o jutsu conhecido como sharingan, o jutsu fazia o olho ficar vermelho, quando ele ativou o jutsu conhecido como rinnegan ficou cinza, assim como a kaguya tomou o controle do corpo do madara e ativou o byakugan, tudo depende do chakra e vontade do user
Assim como kaguya sabia ativar o byakugan, o obito teria de saber e ter a vontade de ativar o rinnegan, o que talvez ele nao soubesse ja que nunca havia despertado esse poder, o caso do Obito x Rinnegan é parecido com o caso do Kakashi x Mangekyou, o kakashi tinha o mangekyou mas nao sabia como ativar, o Obito tinha o potencial para ter o outro rinnegan mas nao sabia como ativar.
Quanto ao lance do naruto de antes
Cara é o mesmo que alguem vir aqui e perguntar porque o sasuke tinha chakra do rikudou mas nao "despertou" as gudoudamas