Sasuke, suigetsu, juugo, orochimaru, kabuto e varias pessoas proximas a Karin sabem que ela é do clã uzumaki, fora que segundo o filler, ela foi criada por sua mãe, entao, sua propria mae poderia ter dito a ela, se a Karin nao usa o sobrenome uzumaki, correntes e etc... para tudo por ai é porque ela assim como sua mãe estavam escondidas, omitindo sua descendencia com medo de serem caçadas, lembre-se o clã uzumaki foi caçado por suas habilidades Karin sendo uma uzumaki com sensor, cura e fuuinjutsus seria um alvo e tanto, veja que ate as correntes ela só usou mesmo em um momento extremo para salvar o sasuke.
Quanto ao nagato, ele foi criado com sua mae e seu pai, pelo o que sabemos o nagato ficou orfão com uma idade um pouco menor do que a kushina quando foi para konoha, mas, mesmo assim nada impede da mãe e do pai dele dizerem para ele suas origens, falar que eles eram refugiados de outro pais e etc... isso seria util para a propria segurança dele, fora que nagato sendo membro da akatsuki pode ter descoberto muitas coisas
Eu diria que os 2 sabem que sao Uzumaki, assim como a tsunade sabe que tem um pouco de descendencia uzumaki
Infelizmente o que nao sabemos é a respeito do naruto saber que eles sao, o mais interessante em ter outros uzumaki na serie como tsu, karin e nagato seria o fato deles conversarem e interagirem com o naruto, falar a respeito do clã e etc... mas isso nunca aconteceu, seria tão legal ver que a historia do clã uzumaki nao se perdeu mas acho que esse clã vai ficar mais como sobrenome mesmo porque a tradiçao e poderes dificilmente vao se manter vivos com o passar do tempo