Eu pessoalmente, acho que o Chakra é o up mais bem vindo a qualquer ninja, mas por que?
Dojutsu => Não importa qual Dojutsu você tenha, ele vai ter um gasto significante de chakra, e quanto mais poderoso o Dojutsu, mais chakra você tem que ter, pra que esse Dojutsu seja usado de forma aceitável, ou seja, não adianta ter um Dojutsu, e chakra na média ou abaixo de média, o Dojutsu vai ser quase inútil.
Hiraiahsin e outras técnicas "exóticas" => Técnicas como o Hiraishin, requerem também uma quantidade significante de chakra, pode não ser um gasto tão grande quanto um Dojutsu, porém, ainda é um gasto significante.
Chakra => Pra mim, chakra é o melhor dos ups, porque ele simplesmente upa todos os atributos corporais de um Ninja, ou seja, usando chakra, você pode ter reflexos tão bons quanto os reflexos de um Dojutsu (Vide os Raikages e users de SM), usando chakra você pode ter força bruta gigantesca, usando chakra você aumenta sua resistência, se enfrentasse um user de Hiraishin e ele tentasse te matar com uma Kunais, você pode tankar a Kunaizada, ou se regenerar usando uma gigantesca quantidade de chakra.
Por isso as Bijuus, Hashirama, Ootsutsukis são tão poderosos, a quantidade de chakra, e q qualidade do chakra deles, é suficiente pra equilibrar e até superar Dojutsus e técnicas exóticas.