Itachi na época que teve que exterminar o clã, era MUITO inferior ao Itachi da akatsuki com todos os poderes, ele não tinha amaterasu e susanoo, um tsukuyomi inferior
Itachi Akatsuki era superior em experiência, mas o Itachi da época do massacre já tinha os Jutsus do MS (afinal eles despertam junto com o MS) e tinha a saúde perfeita (ou seja, + stamina) e o MS ainda com pouco\nenhum desgaste. A única dúvida é se ele já podia manifestar o Susano'o.
E o Tsukuyomi era o mesmo, não existe "Tsukuyomi inferior".
Porém o Itachi akatsuki com poderes full poderia exterminar a policia de konoha?
Provavelmente sim, Uchihas normais dificilmente teriam respostas pros Jutsus do MS do Itachi.
Agora, se ele poderia derrotar o clã Uchiha inteiro (mesmo usando todos seus poderes) é uma incógnita, visto que Itachi foi pedir ajuda do Obito (sendo que se ele tivesse certeza que poderia matar todos sozinhos não teria recorrido a ajuda do Obito). O próprio Sasuke disse que Itachi não seria capaz de exterminar o clã sozinho.
Tem também o fator que o clã Uchiha foi pego "de surpresa" pela dupla Uchiha, provavelmente boa parte deles foram mortos dormindo.