São realidades diferentes.
No GT o Super nunca existiu. Lá não há Hakaishin, anjos, outros universos (até onde me recordo) e nada desse tipo. O Goku base do GT, em seu início, possuía o mesmo poder que ele tinha quando transformado em SSJ3 no arco Buu. Outra coisa, a evolução não é tão grandiosa se comparado com o Super porque também se dá a falta de um tutor do calibre do Whis que, sem mais delongas, é o cara que treinou o Beerus.
Por outro lado, não é sabido os métodos utilizados pelo Goku em seus treinamentos em uma realidade que o Whis sequer passava pela imaginação do autor. Digo e repito, enquanto o Gokuzinho tinha o poder semelhante ao de um Super Saiya-jin 3 de 20 anos atrás (em sua forma base), o mesmo é indiscutivelmente acima do Gotenks SSJ3 após poucos anos ao final da luta contra o Buu na história canônica. Se, por exemplo, o Super existisse na linha temporal do GT, o Goku SSJ4 seria acima do Freeza sim. Mas, como o GT é uma side-story, de uma realidade em que o Super não ocorre, o mesmo em sua forma nível quatro não tem chance alguma contra o Freeza Dourado.