Já fiz um tópico bem explicado sobre como o Naruto foi atingido, e porque ele foi atingido.
Primeiramente tu tem que entender o que é enredo ou roteirismo, basicamente, é quando acontece algo que normalmente, ou levando em conta a lógica, não deveria acontecer, estando ciente disso, entendemos que tanto Naruto, quanto Sasuke, sozinhos, e quase sem precisar utilizar grandes jutsus, teriam acabado coma a raça do Shin FACILMENTE, em uma situação real com base no mangá inteiro, ambos estão muito além da capacidade do Shin, então o Naruto e o Sasuke terem se ferido no combate, não passou de um roteirismo, uma manobra do autor pra fazer ter algum drama, e alguma luta, caso contrário o Gaiden teria terminado antes de começar.
Naruto não foi atingido por estar fraco, ou enferrujado, foi atingido porque era preciso para que o enredo se desenvolvesse.
Agora, como o Naruto foi atingido?
Como um colega disse acima, o MB funciona como uma bolha, basicamente, tudo que vem de fora, seria barrado pelo chakra mais denso na "pele" da Kyuubi, enquanto dentro do MB, seria uma espécie de vácuo, sem proteção, onde o chakra presente serve pra normalmente, curar ferimentos de aliados, como o Naruto fez na guerra quando colocou Kakashi e Guy no interior do MB, ou no próprio gaiden com o Sasuke e a Sarada dentro da cabeça do MB, sendo simples, se eu atirar na parede da sua casa, talvez a bala não atravesse, mas se eu estiver dentro da sua casa e atirar em você, você vai ser acertado.
Quando o Naruto usa o MB, o KCM fica mais fraco, porque o chakra fica mais denso nas bordas do MB, com o objetivo de proteger o que vem de fora, porque ninguém espera um ataque vindo do interior de sua própria defesa, Shin contou com o beneficio da surpresa, ele marcou a arma do Sasuke, e o Sasuke levou essa arma pra dentro da defesa do Naruto, basicamente, se uma bomba explode fora de um bunker, talvez você saia ileso, mas e se algum aliado, sem saber, levar a bomba pra dentro do bunker, você vai ser ferido, ou morto, e foi isso que aconteceu.
É uma estratégia simples, se infiltrar e atacar por trás das defesas do Inimigo.
Pra ficar ainda mais simples de entender... Lembra de quando o Gaara conseguiu tirar o Madara de dentro do Susanoo? - lembra de como ele fez aquilo?...- ele infiltrou sua areia onde a defesa do Susanoo era vulnerável, e atacou o inimigo de forma surpresa.
Madara era mais fraco que o Gaara?, Era mais burro?, Estava enferrujado? - Obviamente a resposta de todas as perguntas é a mesma, NÃO.
Gaara contou com um bom enredo, e com uma oportunidade de ouro, se o Madara estivesse mais atento, não subestimasse o inimigo, e se preocupasse com seus pontos fracos, não teria sido pego de surpresa, e Naruto esteve na mesma condição, estava desatento e não conhecia as habilidades do inimigo, enquanto Shin estava atento, e aproveitou a oportunidade que teve.
Enfim, é isso meo parsa.