Não existe uma superioridade absurda, o Naruto RSM é quase tão forte quanto o Madara Jin, o que o uchiha ganha em quantidade de chakra o uzumaki ganha por ser amigo das bijus e poder usar todas as suas KG
Naruto também tem uma forte ligação com as bijus, e pode com seus ataques desestabilizar o chakra delas dentro do Madara, a Kaguya que tinha mais chakra e uma maior experiência demorou para conseguir equilibrar as bijus em si
Não sei se o mugen iria funcionar, tecnicamente a Kaguya usou ele para criar seu exército no passado, e sabemos que a Lua ainda não existia (ela foi criada quando a Kaguya foi selada) se isso tivesse efeito ela poderia ter tentado usar no Naruto quando isolou o Sasuke em uma das suas dimensões
Madara usou o mugen tsukyomi em uma versão menor para mostrar o Obito como de fato seria o genjutsu:
Ele só não podia projetá-lo na Lua, mas a essência do genjutsu tava lá
A vantagem do uchiha é poder usar o mokuton, e o Tengu que deve ter um nível do Gedo Susano. Mas sim, o madara tem vantagem na luta