Pains são corpos mortos, claro que não funcionaria.
O Nagato da Saga Pain funcionaria, mas nem o Nagato jovem que lutou contra o Hanzo e nem o Nagato tensei cairiam para essa técnica.
É até meio confuso o meio de aplicação do Izanami, pois é necessário que o usuário seja arrogante, egocêntrico e acreditar na sua própria superioridade ou invencibilidade perante os outros. Tanto que o Itachi deixou bem claro que o Kabuto só precisava reconhecer a si próprio para quebrar a técnica. O Nagato ao mesmo tempo que se dizia um Deus, admitia que seus oponentes eram perigosos, que ele precisava ser cauteloso e até reconheceu que poderia ter perdido para o Jiraya. Então não sei nem dizer ao certo se ele naquela época cairia.