O que burlaria a intangibilidade do Kakashi 2MS?

É isso ae...

Diversos jutsus. Tais como:

1 - Koto Amatsukami
2 - Kami no Shisha (Ataque da Konan)
3 - Hiraishin no Jutsu (Sendo que ele tenha sido previamente "taggado")
4 - Izanagi
5 - Amaterasu (Se for activado na parte "viva" do Obito)

Deve ter outras formas, se lembrar posto aqui

Na minha opinião genjutsus como o Kotoamatsukami ou Tsukuyome não atinge quem estiver na intangibilidade do Kamui.

Para pegar o Kakashi intangível é necessário:

Atingir ele com um ataque preciso, que dure mais de 5 minutos.
Ex. Kami no Shisha da Konan

Esperar ele se materializar e ataca-lo de forma rápida
Ex. O Hiraishin pode ser utilizado para engana-lo, e logo em seguida de forma rapida aplicar o golpe, assim como o Minato fez.
Também é possivel pega-lo com o Amaterasu, onde o Itachi ou Sasuke fica monitorando a projeção do Kakashi com o mangekyou, assim que a assinatura
de chakra aparecer, usar o Amaterasu.

Com um ninjutsu de teletransporte que o permita acessar outra dimensão.
Ex: Assim como o Obito conseguiu acessar as dimensões da Kaguya, um usuário de ninjutsu dimensional pode gravar a dimensão do Kamui e ir de encontro com o corpo verdadeiro.