Com o Instinto Superior, Goku venceria sem dúvidas.
Oque acontece na maioria das discussões entre as duas contraparte da franquia, é a subestimação de uma para outra. exemplo: É a falacia de existir apenas "4 galáxias" no Universo DB, onde vamos aplicar essa "regra" a franquia toda (incluindo GT), vamos excluir apenas o Super por conveniência pessoal. Assim personagens extremamente poderosos com mesmos Hypers, sendo mencionado em guias como seres Universais (exemplo: Black Shenlong) vão ser minimizados a um nível Galáxia, se dúvida até abaixo que isso.
Sobre a comparação, é o SSBKaioken, Gogeta venceria mesmo considerando que ambos tenha o mesmo "poder", pois ele não sofre muito desgaste como o Blue, e técnicas como conversão de energia e clonagem daria vantagem a fusão.
Só repara que Black com uma técnica de clonagem lixosa deu puta trabalho para os Sayajins.