Chidori = Requer um controle de chakra maior, e a quantidade de chakra aplicado no braço é tão grande que o ataque só poderia ser usado por vias normais em linha reta, vulgo a necessidade do Sharigan para contornar ambos.
No caso Chidori tem melhor corte e é mais poderoso.
Raiden = É só a liberação da Natureza Relâmpago, apesar de não mostrar o mesmo poder de corte do Chidori tem algumas vantagens a mais.
Bom ambos são bons, e ambos tem sua utilidade, não dá para dizer qual é o melhor.