Izanagi funciona assim: você ativa a técnica e, até um determinado momento (o tempo limite da "ilusão" varia com os requisitos do usuário"), tudo o que acontecer com você vira uma ilusão automaticamente.
Entendam, se trata de manipulação de realidade, um conceito que, até o jutsu surgir, não existia no narutoverse, mas é muito comum nas hqs.
Em suma, é uma habilidade absoluta, que, a partir do momento em que é usada, se desvincula do usuário (já que ele inclusive pode morrer) e se torna uma lei irrefutável, a qual diz que tudo que aconteceu até ali não existiu.
Então não importa o que acontecer com você após usar a técnica, tudo vai ser anulado dentro do tempo limite dela.
Se, por exemplo, o Danzo tivesse sido atingido pelo jinton após ativar o izanagi, ele reapareceria no local em que ativou a técnica após o minuto ter se passado, como se nada tivesse acontecido.
Ela basicamente reseta esse minuto, mas apenas o "seu" tempo, já que tudo flui normal para todos.