Ultra Instinct restaura a energia no uso?

Ao usar, Goku sempre se revitaliza e tem seu Ki aumentado, então seria um bônus da técnica? E sendo assim, o efeito colateral é a fadiga após o uso?

É bem provável. O Goku no ep 128 estava sem energias para usar o SSB e ssj normais, e no ep 129 ele ativou o migatte e após isso ficou spamando ki.

Quando Goku se transformou em SSJ pela primeira vez estava muito acabado e restaurou às energias também. Talvez seja só algo conveniente pro enredo mesmo.

Desconsiderando isso, no mostrado aumenta sim e por isso o efeito colateral de fadiga pós-uso mesmo.

Células S

O @Moisés MR já explicou isso em vários posts por aí, então creio que só citar essas células já seja o suficiente para responder o tópico